Khmer Tự do có liên kết lỏng lẻo với lực lượng dân quân Front de Lutte du Kampuchea Krom do Mỹ hậu thuẫn hoặc "Khăn rằn trắng" (tiếng Khmer: Kangsaing Sar, tiếng Việt gọi là Khăn rằn) tại miền Nam Việt Nam. Nhóm người này ban đầu được thành lập bởi một nhà sư Khmer Krom tên là Samouk Sen, tìm kiếm sự độc lập cho Khmer Krom và thường xuyên đụng độ với Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, tổ chức được mở rộng trong những năm 1960 và sau này trở thành liên kết với FULRO, một tổ chức bán quân sự cho các nhóm dân tộc thiểu số Việt Nam. Thành viên của cả hai nhóm Khmer Kampuchea Krom và Khmer Serei đều được người Mỹ huấn luyện cho các hoạt động bí mật trong cuộc chiến tranh Đông Dương lần thứ hai như là một phần của lực lượng biệt kích cơ động (MIKE Force) và được CIA tài trợ một phần trang thiết bị.[4] Khmer Tự do và các lực lượng liên quan đạt đến đỉnh điểm khi có tổng quân số lên đến 8000 người vào năm 1968.[5]

Sau cuộc đảo chính năm 1970 của Tướng Lon Nol, thủ lĩnh Sơn Ngọc Thành trở thành bộ trưởng chính phủ, các thành viên của lực lượng dân quân Khmer Tự do và Khmer Kampuchea Krom có một số đã thâm nhập vào quân đội Campuchia trước khi cuộc đảo chính xảy ra, còn lại đều lần lượt xuất hiện trên đường phố thủ đô Phnom Penh biểu thị sự ủng hộ chính phủ mới. Tuy nhiên, do một phần tình hình quân sự ngày càng xấu dần và phần Lon Nol nghi ngờ sức mạnh của lực lượng được huấn luyện chu đáo có thể lợi dụng để chống lại ông, vì vậy ông đã cố ý ném họ vào những trận chiến vắt kiệt sức nhất và phần lớn đều bị tan vỡ trước sự khốc liệt ngày càng gia tăng giữa hai bên của cuộc nội chiến Campuchia đẫm máu này.[6]

Sơn Ngọc Thành bị sa thải khỏi nội các Lon Nol vào năm 1972 và sống lưu vong tại Nam Việt Nam cho tới khi ông bị bắt giam sau biến cố ngày 30 tháng 4 năm 1975 khi quân Giải phóng tiến vào Sài Gòn báo hiệu sự sụp đổ của Việt Nam Cộng hòa; tàn quân Khmer Tự do ở Nam Việt Nam hầu hết đều bị quân giải phóng Bắc Việt tiêu diệt trong khi số còn lại ở bên Campuchia thì bị Khmer Đỏ truy kích dữ dội sau khi lật đổ chế độ Lon Nol đã dẫn đến sự tan rã của tổ chức này.